Membina generasi muda menjadi fokus utama Masjid Baitul Karim melalui organisasi REMBAKA (Remaja Masjid Baitul Karim). Agar para remaja terhindar dari perilaku negatif, masjid menciptakan lingkungan yang aktif dengan kegiatan dakwah, diskusi, dan sosial. Salah satu inovasi unik yang diterapkan adalah Sistem Fingerprint untuk mencatat kehadiran remaja dalam setiap kegiatan masjid secara akurat dan transparan.
Sistem ini bukan sekadar alat absensi, melainkan sarana motivasi melalui mekanisme reward bulanan. Remaja dengan tingkat kehadiran tinggi akan mendapatkan apresiasi berupa uang saku sebagai bentuk penghargaan atas konsistensi mereka dalam beribadah dan berorganisasi. Semangat kebersamaan ini juga akan diperluas melalui kegiatan Jambore Remaja Masjid yang dijadwalkan pada 27 Juni 2026 di perkemahan PAI Tegal, mencakup kegiatan tadabur alam, futsal, hingga lomba memanah.